L’expression existe en français depuis la fin du XIX^e siècle. On imagine qu’une araignée tisse sa toile dans la tête de quelqu’un, rendant son esprit confus ou un peu déréglé, comme un plafond où une araignée aurait fait son nid.

Cette image amusante évoque donc une bizarrerie inoffensive : la personne n’est pas vraiment folle, mais a des idées farfelues ou originales. On l’emploie souvent de façon affectueuse ou pour taquiner quelqu’un qui sort de l’ordinaire.