L’indigo naturel est extrait de feuilles de certaines plantes, comme l’indigotier, selon des méthodes traditionnelles qui existent depuis des millénaires. À l’inverse, l’indigo synthétique a été créé à la fin du XIXe siècle : il a exactement la même molécule colorante, mais il est produit à partir de dérivés du pétrole, de façon industrielle.

Visuellement, la teinte bleue est identique, mais l’indigo naturel contient parfois des impuretés végétales qui peuvent donner un aspect ou une odeur légèrement différente. L’indigo synthétique, lui, est plus pur, moins cher et plus facile à produire en grande quantité, ce qui explique qu’il a largement remplacé le naturel, notamment pour les jeans.