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Le « i » de « oignon » vient de son orthographe ancienne, héritée du latin, même si on ne le prononce plus aujourd’hui.
Le mot « oignon » vient du latin unio, qui a donné « oignon » en ancien français, parfois écrit oignion ou oignon. Le « i » a été ajouté au Moyen Âge pour rappeler la racine latine et distinguer le mot d’autres termes proches. Avec le temps, la prononciation a évolué, mais l’orthographe est restée figée. Aujourd’hui, le « i » ne se prononce plus, mais il subsiste dans l’écriture, comme c’est souvent le cas en français avec des lettres « muettes » héritées de l’histoire des mots.
En 1990, une réforme orthographique a proposé de simplifier « oignon » en « ognon »… mais très peu de gens l’utilisent !