Au cours de l’évolution, des espèces changent d’habitat ou de mode de vie : un organe auparavant utile peut devenir inutile ou coûteux à entretenir. Par exemple, les poissons des grottes perdent la vue car il fait toujours noir, ou certains oiseaux perdent la capacité de voler sur des îles sans prédateurs.

La nature « optimise » alors : les individus qui économisent l’énergie en n’ayant pas ces organes survivent mieux et transmettent leurs gènes. Peu à peu, l’organe disparaît ou devient vestigial (comme l’appendice chez l’humain).