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Parce que « maladie » est féminin et « virus » est masculin en français, selon leur origine et leur histoire.
En français, le genre des mots n’est pas toujours logique : il dépend souvent de l’histoire du mot. « Maladie » vient du latin « malitia », un nom féminin, et a gardé ce genre. « Virus », en revanche, vient directement du latin où il était un nom neutre, mais comme le français ne connaît que le masculin ou le féminin, il a été classé masculin (comme beaucoup de mots neutres latins).
Au final, c’est un mélange de tradition, d’étymologie et d’habitudes : il n’y a pas de règle universelle, et c’est ce qui rend le genre des mots parfois si surprenant en français !
Le mot « virus » signifiait à l’origine « poison » en latin, et il a fallu attendre le XIXe siècle pour qu’il désigne ce que nous connaissons aujourd’hui !