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On écrit “gn” pour le son [ɲ] car cette combinaison vient du latin et a été adoptée pour transcrire ce son particulier en français.
Le son [ɲ], comme dans “montagne”, n’existait pas en latin classique, mais on le retrouvait dans certains mots, notamment avec le groupe de lettres “gn” (par exemple lignum pour “bois”).
Au fil du temps, en évoluant vers le français, ce groupe s’est transformé pour donner le son [ɲ], qui n’existait pas à l’époque. Plutôt que de créer une nouvelle lettre, les scribes ont gardé cette écriture “gn” pour noter ce son. C’est ainsi qu’on écrit “montagne”, “champagne” ou “compagnon” avec “gn” pour [ɲ].
L’italien utilise aussi “gn” pour ce son, comme dans “lasagne” ou “gnocchi”, mais l’espagnol a préféré inventer une lettre spéciale : le fameux “ñ” de “señor” !