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Parce que « personne » est un nom féminin d’origine latine, tandis que « individu » est masculin, selon leur histoire linguistique.
En français, le mot personne vient du latin persona, qui était déjà un nom féminin signifiant « masque de théâtre » puis « personnage ».
À l’inverse, individu vient du latin individuum (ce qui ne peut être divisé), un nom neutre qui a été masculinisé en français comme beaucoup de mots en -u ou -us (ex : « statut », « virus »).
Le genre grammatical n’a donc rien à voir avec le genre humain évoqué : on dit une personne même pour un homme, et un individu même pour une femme, simplement par respect de l’origine des mots.
En français, il existe aussi des mots épicènes, comme « élève » ou « enfant », qui ne changent pas selon le genre de la personne… mais leur article, lui, change !