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Parce que le genre des mots « lune » et « soleil » vient du latin, où ils étaient déjà féminin et masculin.
En français, on dit « la lune » (féminin) et « le soleil » (masculin) car ces genres sont hérités du latin, la langue-mère du français.
Dans le latin classique, luna était un nom féminin et sol un nom masculin. Ce genre n’a rien à voir avec la science ou l’apparence de ces astres : il s’agit simplement d’une convention linguistique transmise au fil des siècles.
Fait amusant : dans d’autres langues, c’est parfois l’inverse ! En allemand, par exemple, la lune est masculine (der Mond) et le soleil est féminine (die Sonne).
Dans de nombreux contes ou mythologies, la lune et le soleil sont personnifiés comme un couple : l’un féminin, l’autre masculin… mais leur « genre » change selon les cultures !