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Parce que le “ph” marque l’origine grecque du mot, là où le son “f” était écrit “φ” (phi) en grec ancien.
De nombreux mots français comme philosophie, photo ou téléphone viennent du grec ancien. Dans ces mots, le “f” se prononçait comme aujourd’hui, mais s’écrivait avec la lettre grecque phi (φ).
Quand ces mots ont été intégrés au français (souvent via le latin), on a gardé le “ph” pour signaler leur origine savante et grecque. C’est une sorte de “signature” linguistique !
Aujourd’hui, l’Académie française autorise parfois le remplacement de “ph” par “f” (orthographe réformée), mais la forme classique reste dominante.
Le mot « nénuphar » est un cas à part : il vient de l’arabe, mais a reçu un “ph” par erreur, pensant qu’il venait du grec. Il devrait normalement s’écrire “nénufar” !